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計算と結晶、GPCRモデリング検証

Costanzi S. On the applicability of GPCR homology models to computer-aided drug discovery: a comparison between in silico and crystal structures of the beta2-adrenergic receptor. Journal of medicinal chemistry. 2008;51(10):2907–14.
Available at: http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=2443693&tool=pmcentrez&rendertype=abstract

β2アドレナリン受容体と逆作動薬カラゾロールの結晶構造を、ロドプシン受容体の結晶を使ったホモロジーモデリングで再現できるか検証。特に、リガンド結合部と受容体アクティベーションに重要な2番目の膜外ループは、ロドプシンの結晶を基にしたモデルと、結晶情報に頼らずにデノボで計算したモデルを採用した。その結果、どちらもβ2アドレナリン受容体の結晶構造とは乖離した結果が得られた。ただし、290番のフェニルアラニンのコンフォメーションを動かせば、精度の高いモデルが得られている。この実験結果からも、リガンドと受容体とのドッキングを行う際には、ミュータジェネシスの情報も利用するなどして細心の注意を払う必要性が理解できる。
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