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PubChemをケムインフォで有効活用

Xie X-Q. Exploiting PubChem for Virtual Screening. Expert opinion on drug discovery. 2010;5(12):1205–1220.
Available at: http://informahealthcare.com/doi/abs/10.1517/17460441.2010.524924



PubChemではNIHのロードマップ・イニシアティブとして分子情報を保管している。PubChemデータベースは7000万個の基質から2700万個の化合物情報を有しており、180万以上の基質をつなぎ合わせた7000以上のタンパクと遺伝子から1000種類のビトロ、細胞系評価による45万以上のアッセイ結果が存在する。このレビューでは、PubChemを利用したケモインフォマティクス、バーチャルスクリーニング、毒性予測モデルといった計算化学研究を紹介する。PubChemは、計算化学研究を行うにあたって非常に有益な情報を提供するが、一方でデータセットは非常に多く煩雑で、特に生物活性に関してはフォールス・ポジティブやネガティブを含んでいる可能性があり、データセットもアンバランスである事が、大きな障壁となっている。このようなPubChemのデータセットモデルを利用したバーチャルデザインや毒性予測の方法についてもレビューする。現在では、ケモインフォマーティックスのデータマイニング、バーチャルスクリーニングのアルゴリズムが確率しており、利用可能となっている。
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