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CYP2C9阻害予測:リガンドベースのROCSで的中率89%

Sykes MJ, McKinnon RA, Miners JO. Prediction of metabolism by cytochrome P450 2C9: alignment and docking studies of a validated database of substrates. Journal of medicinal chemistry. 2008;51(4):780–91.
Available at: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18237107

NSAIDのフルビプロフェンはCYP2C9の基質となり、結晶構造も解かれている。ワルファリンの場合と異なり、代謝部位がヘム鉄方向を向いている事から、これを基準化合物として、既知のCYP2C9基質に対して、ROCSという手法で、代謝位置を予測したところ、89%の精度で的中し、ヘム鉄からの距離は5.21±0.95Åと見積もられた。これらの分子をCYP2C9の酵素にドッキングさせようとしたが、うまくいかなかった。CYP2C9代謝予測は、タンパクとのドッキングを利用するよりも、リガンドベースの方が精度が良いのかも知れない。
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