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3次元的リード創出

Yuan H, Lu T, Ran T, et al. Novel Strategy for Three-Dimensional Fragment-Based Lead Discovery. Journal of Chemical Information and Modeling. 2011:110325110322063.
Available at: http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ci200003c

FBDDは有用なデザイン手法であるが、まだ課題が残されている。ここでは3次元的リード創出の実践的手法を報告する。まず、ターゲットの同一結合サイトに結合する既知の阻害薬をフラグメンテーションして、隣接する別々のサイトに位置する多様なフラグメントを発生させる。これらのフラグメントの空間配置を保持してリンキング、マージングする事で式な分子を構築する。ルート平均二乗偏差値を用いてコンフォメーション変化を評価し、クライテリアを満たす化合物かどうかを判断する。CDK2やc-Metといったターゲットでこの手法の有用性を示す。
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